Berdasarkan keterangangan dari K.H Shonwasi (Ketua YAIMAM) menyatakan bahwa, pendidikan di Salatiga sudah ada sejak jaman dulu (Belanda) namun, jarang yang di tingkat Tsanawi dan belum ada yang bernuansa Islam. Pendidikan Islam sendiri, berada di pesantren ataupun masjid. Dengan berdirinya Kementrian Agama yang salah satu kebijakannya mengangkat pendidikan Islam, dapat menjadi salah satu faktor munculnya madrasah di Indonesia, salah satunya MTs NU Salatiga. 

K.H Shonwasi juga menyatakan bahwa MTs NU didirikan pada tahun 1955 yang ditokohi oleh K.Badrudin Honggowongso, K. Ghufron, K. Musyaffa, Kyai Ahmad Sidiq dan Kyai Azhari. Namun pendapat tersebut dirasa masih belum bisa dikatakan benar sepenuhnya, pendapat yang lain menyebutkan bahwa pendirian MTs NU Salatiga merupakan ide K.H Hoemaidi Soleh yang kemudian dibantu oleh tokoh-tokoh ulama NU pada saat itu seperti K.H Zubair Umar, K.H Badruddin Honggowongso, K.H Ghufron, K.H Kasmuni, dan K.H Zainuddin. 

Bapak Syamsul menyatakan bahwa nama-nama tersebut memang benar adalah tokoh-tokoh yang memiliki kaitan baik secara langsung maupun tidak langsung dengan MTs NU Salatiga, sehingga memiliki porsi keterlibatan di bidang yang berbeda-beda. Tokoh pendiri MTs NU Salatiga bisa dikatakan sebagai tokoh karismatik, dimana peran yang dilakukan tidak hanya sebatas dalam satu lembaga sehingga bisa dianggap wajar jika dalam proses peristisan maupun perkembangan banyak tokoh lainya yang berperan. 

Namun semua sumber yang telah diwawancarai sepakat bahwa lokasi MTs NU Salatiga saat itu berada di rumah Kyai Badruddin Honggowongso yang berlokasi di Jalan Makam Pahlawan No. 20, Kecamatan Tingkir Kota Salatiga. Rumah tersebut merupakan rumah tinggal K.Badruddin Honggowongso dan keluarga setelah berkali-kali pindah karena pekerjaan dan situasi politik di era kemerdekaan.

Rumah yang ditempati oleh K.H Badruddin Honggowongso dan keluarga pada saat itu adalah bekas dari rumah peninggalan Belanda. K.H Badruddin Honggowongso pada awal kedatangan di Salatiga berada di masjid Muttaqin. Segala keperluan operasional seperti memasak dilakukan di masjid tersebut. Keadaan tersebut kemudian dilihat oleh salah satu pegawai dinas perumahan yang mengurusi rumah peninggalan Belanda, kemudian ditawari oleh dinas perumahan yang dikepalai oleh Bapak Hendro untuk ditawarkan kepada K.H Badruddin. 

Tawaran dari Pak Hirjan (wakil dinas perumahan) tersebut diterima oleh Pak Badruddin yang kemudian diberikan VB sebagai bukti perijinan menggunakan bangunan. VB adalah surat ijin menetap atau menggunakan bangunan yang dikeluarkan oleh jawatan perumahan di daerah-daerah. 46 setelah memiliki rumah di Jalan Taman Pahlawan No 20, K.H Badruddin honggowongso menjadikan rumah beliau sebagai tempat mengajar MTs NU Salatiga. Bentuk-bentuk bangunan kelas masih dapat dilihat sampai sekarang masih belum berubah. 

Berdirinya MTs NU Salatiga kemudian mendapat sambutan dari masyarakat khusunya Salatiga. Banyak siswa yang kemudian ingin bersekolah di MTs NU Salatiga atupun arahan dari orangtuanya. Guru-guru yang mengajar juga bisa dikatakan sebagai ulama yang karismatik dan memiliki pengaruh kuat dalam pendidikan Islam seperti K.H Zubair, Kyai Ghufron, Kyai Musyaffa dan sebagainya. MTs NU Salatiga saat ini telah berpindah ke Jalan Kartini No 2, Kecamatan Sidorejo Kota Salatiga pada tahun 1964. Rumah K.H Badruddin kemudian tetap ditempati dan dirawat oleh Pak Pur dari tahun 2010.